1985 : Alfred du Meilleur album (autrement dit Alph'Art, Prix du meilleur album ou encore Fauve d'Or) pour La Fièvre d’Urbicande au Festival de bande dessinée d’Angoulême.
1987 : Grand Prix Soleil de Sierre par la Ville de Sierre.
1990 : Elevé au rang de Chevalier des Arts et des Lettres par la République française.
1991 : Prix Paris Cité du Meilleur scénario pour la série Les Quarx dans le domaine de la ‘Création’ et dans la catégorie ‘Images animées’.
1996 : The Inkpot Award for outstanding achievements COMIC ARTS. In appreciation COMIC-CON INTERNATIONAL.
1997 : Prix Camara Da Amadora.
1997 : Ambassadeur Prix Saint-Michel.
1998 : Comic Salon Erlanger. Prix Max et Moritz. Prix spécial du jury pour Le Guide des Cités.
1998 : Gentse Filatelistenbond vzw Gand Island.
1999 : Fait Ambassadeur du Tourisme bruxellois - Brusselse Toerisme.
1999 : Troféu Da Camara Municipal Da Amadora - Melhor album estrangeiro, ex-aequo A menina inclinada (Schuiten & Peeters) & O sono do monstro (Bilal).
2000 : Prix Géant de la BD à F. Schuiten & B. Peeters par la Chambre Belge des Experts en Bande Dessinée (CBEBD).
2002 : Grand Prix (Alph'Art) du Festival de bande dessinée de la Ville d’Angoulême pour l'ensemble de son œuvre.
2002 : Elevé au rang de Chevalier de l’Ordre de la Couronne par le Royaume de Belgique.
2002 : Hommage du Ministre des Arts & des Lettres et de l’audiovisuel par la Communauté Wallonie-Bruxelles.
2002 : Ospite d’Onore - Guest of honor Torino Comics.
2003 : Elevé au rang de Baron par le Roi Albert II le 21 juillet 2003.
2003 : Grand Prix Philatélie belge du Meilleur dessin.
2006 : Prix Mosquitos par Télémoustique dans la catégorie « C’est du belge : livre » pour Les Portes du Possible de F. Schuiten & B. Peeters.
2007 : Prix Soleil d’Or par Solliès-Ville.
2007 : Grand Prix de l’art philatélique belge, « Ambassadeur 2007 ».
2009 : Serpe d’Or par la commune de Faches-Thumesnil.
2009 : Troféu Da Camara Municipal Da Amadora - Miglio Disegnator Estero.
2013 : Le Grand Prix Manga au Japan Media Arts Festival.
2014 : Docteur Honoris Causa par l’Université de Mons.
2014 : Grand Prix-Groot Prijs PRO-POST.
2015 : Elevé au rang d’Officier des Arts et des Lettres par la République française.
2019 : Médaille de la Ville d'Amiens.
2019 : Prix Atomium pour Le dernier Pharaon avec Jaco Van Dormael, Thomas Gunzig et Laurent Durieux.
2022 : Will Eisner COMIC INDUSTRY AWARD 2022 : Best U.S. Edition of International Material for The Shadow of a Man.
2022 : Médaille de la Ville de Bar-le-Duc.
2023 : Prix Rossel 2023 de la bande dessinée pour l'ensemble de son œuvre.